Sekolah Marie Joseph berdiri pada tanggal 10 Januari 2004. Nama sekolah sekolah Marie Joseph diambil dari nama pendiri Kongregasi Fransiskanes Sambas (KFS) yaitu Muder Marie Joseph Raymakers dari Etten Leur, Belanda. Sekolah ini mulai berdiri dengan menyelenggarakan TK Marie Joseph (KB dan TKK). Dengan perkembangan jumlah siswa yang begitu pesat, 2 tahun kemudian dibukalah SD Marie Joseph yang kemudian disusul SMP dan SMA secara bersamaan dibuka.